Nell'ottica di un approccio sempre più scientifico all'artista, Roma è il teatro di importanti restauri e di analisi approfondite con strumenti modernissimi Da Nancy è arrivata l'Annunciazione, risalente al periodo maltese o napoletano II (1608-1610).Interamente ridipinta in un primo intervento nel XIX secolo, la tela è stata restaurata nel 1968 e oggi sottoposta a una sorta di revisione.
La Pinacoteca capitolina ha visto il restauro del San Giovanni Battista: recuperati i colori originali ed evidenziati dettagli finora nascosti - fiori foglie, radici - con due "pentimenti" per mano dell'artista.
La Cena in Emmaus di Milano è stata scannerizzata, per studiarne gli underdrawings (cioè i tratti poi coperti dalle pennellate). Ritrovata una versione preliminare con una finestra o forse un loggiato che apre al panorama, dove oggi c'è una parete scura. Per l'Adorazione dei Pastori, proveniente da Messina, una scoperta suggestiva: le 4 figure maschili del dipinto sarebbero altrettanti autoritratti di Caravaggio, nelle diverse età della vita. Narcisismo, forse, o anche la scarsità di modelli dal vivo. Tre altri autoritratti nei nudi di Giove, Nettuno e Plutone nell'olio su muro del Casino Boncompagni Ludovisi a Roma.